In der Schweiz gibt es 5 Kirchen (Zürich, Basel, Bern, Genf und Lausanne) und mehrere Missionen (Luzern, Glattbrugg, Tessin, Zug).Sie sind eigenständige Vereine mit einem eigenen Vorstand und eigenen Statuten. Die Vereine sind im Handelsregister eingetragen.Finanziell sind sie unabhängig von einander.

Der erste Scientology Verein wurde 1974 in Basel gegründet, im gleichen Jahr folgten Bern und Zürich.Es gibt keinen Verein „Scientology Kirche Schweiz“, nationale Aktivitäten werden von der Scientology Kirche in Zürich koordiniert.